O Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (Sinaes), criado pela Lei n° 10.861 de 14 de abril de 2004, é o novo instrumento de avaliação superior do MEC/Inep. O SINAES propõe a todas as Instituições de Ensino Superior a implantação da Avaliação Institucional com vistas à melhoria da qualidade da educação superior, a orientação da expansão de sua oferta, o aumento permanente da sua eficácia institucional e efetividade acadêmica e social.

A Avaliação Institucional ocorre em duas etapas: avaliação interna (auto-avaliação), coordenada pela Comissão Própria de Avaliação (CPA) de cada Instituição; avaliação externa, realizada por comissões designadas pelo INEP (Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira).

A CPA tem como objetivo coordenar todo o processo interno de avaliação da FMB e é composta por representantes de todos os segmentos da comunidade universitária e da sociedade civil organizada. Todos os membros da comunidade acadêmica – professores, estudantes, técnicos – administrativos, ex-alunos e outros grupos sociais estão chamados a se envolverem nos processos de avaliação para a total integração e participação.